آموزش برنامه گرافیکی رسمول (Rasmol) :
1)رسمول(Rasmol) یک برنامه گرافیکی است با هدف قابل مشاهده کردن پروتئینها ، اسید های نوکلئیک و مولکول های کوچک .
2)این برنامه اطلاعات را خوانده و پس از مرتب کردن اطلاعات بر روی صفحه نمایش تصویری رنگی از مولکول را به نمایش در می آورد .
3)همچنین این برنامه بر روی سیستم ها و ساختارهای مختلف کامپیوتری اجرا می شود .
4) فرمت فایلهای ورودی این برنامه عبارت است از :
a) Brookhaven protein data bank (PDB) or (*.pdb)
b) Tripos associates
c) Atchemy
d) sybyl MOL2
e) Molecular design limited (MDL)
f) XYZ (X MOL)
g) Minnesota super computer center (MSC)
h) CHARMm format files.
5)تصویر مولکول اجرا شده در این برنامه می تواند بصورت مدل سیمی ، پیوندی ، استوانه ای ، گوی و میله ، مدل نشانگر کربن آلفا ، مدل کروی ، روبان های مولکولی ، پیوندهای هیدروژنی و بصورت نقطه نقطه در سطح ، نشان داده شود .
6)قسمتهای مختلف مولکول ممکن است بصورت رنگی و متفاوت از سایر قسمتها نشان داده شود .
7)مولکول نشان داده شده با این برنامه ممکن است چرخانده ، ترجمه ، کوچک و بزرگ و یا بریده شده باشد .

فرمانها در نرم افزار رسمول :

1)Backbone: این فرمان عرضه کننده اسکلت پلی پپتیدی پروتئین بعنوان یک سری از پیوندهای اتصالی مجاور کربن آلفای هر آمینو اسید در یک زنجیره پلی پپتیدی است.
2)Background: این فرمان جهت تغییر رنگ زمینه ی صفحه نمایش برنامه رسمول استفاده می شود.
مثال : Rasmol> Background red
3)Hbonds: این دستور برای نشان دادن پیونده های هیدوژنی ساختمان پروتئین بکار می رود بعد از اجرای این دستور پیونده های هیدروژنی نشان داده شده و تعداد آنها گزارش می شود.
hbonds on : پیوندهای هیدروژنی را بصورت نقطه چین نمایش می دهد .
hbonds off : نمایش پیوندهای هیدروژنی را خاموش می کند .
Color hbond :جهت تغییر رنگ پیوندهای هیدروژنی از این فرمان استفاده می شود.
( رنگ پیوندهای هیدروژنی قرمز می شود ) color hbond red Rasmol>
4) Load :
- Load {< format > y
در اینجا بجای format اسم فایل را ذکر می کنیم .
- Load { < format > y inline
5)Print : این دستور برای چاپ بکار می رود .
6) Quit : برای خارج شدن از برنامه رسمول است .
7) ribbon : پروتئین یا نوکلئیک اسید نمایش داده شده را بصورت نوارها و روبانهای صاف نشان می دهد .
8) color ribbon : جهت رنگ آمیزی روبان ها از این دستور استفاده می شود.
9) Rotate : جهت چرخاندن ساختار به نمایش درآمده از این دستور استفاده می شود .
Rotate < axis >
Axis محور x, y, z را مشخص می کند.
Rotate < Y > : مثال
10) Show : برای نشان دادن جزئیات ملکول به نمایش درآمده بکار می رود .
-Show information: اطلاعات مولکول را طبقه بندی و لیست می کند .
-Show sequence: ساختار متوالی زنجیره سازنده مولکول مورد نظر را به ترتیب پشت سر هم لیست می کند .
11) Spacefill: جهت نشان دادن همه اتمهابصورت کروی بکار می رود. برای برگشتن به حالت اول از دستور wireframe استفاده شود .
12) ssbond : این فرمان برای نشان دادن پیوندهای دی سولفیدی بصورت خط چین یا استوانه ای بین آمینو اسیدهای سیتئین بکار می رود . این فرمان دو دستور دارد ....
- ssbond on
- ssbond off
13) Strands : جهت نمایش رشته ها.
14) Color ribbon : روبان ها را رنگ می کند. در جلوی این فرمان رنگ مورد نظر را تایپ کنید.
15) Structure : جهت نمایش دادن اطلاعات ساختمان دوم پروتئین به نمایش درآمده که شامل ( Helix و Sheet و ... است ) .
16) Translate : جهت حرکت موقعیت مرکزی مولکول روی صفحه نمایش.
17) Color : از این دستور برای رنگ کردن قسمتهای مختلف ساختار بکار می رود
- Colour Atoms red
Bonds //
// Back bone
Ribbon
Label
Dots
h – Bond
ssbond
18)Dots: این فرمان بر روی سطح اتم انتخاب شده نقطه گذاشته که این نقطه ها نماینده الکترونهای واندروالس است.
19)Exit: برای خارج شدن بکار می رود.
20)Wireframe: رشته پروتئینی را بصورت مدل سیمی نمایش می دهد.
21)Zoom: با این دستور می توان اندازه تصویر را بزرگ یا کوچک کرد.
Rasmol> zoom 150 : مثال
نحوه استفاده از برنامه :

-بروی آیکون برنامه دوبار کلیک کنید تا برنامه اجرا شود .
-دو پنجره باز شده که یکی بر روی desktop و دیگری بصورت minimize است .
-پنجره روی desktop ، پنجره نمایش موکلول و پنجره minimize جهت نوشتن دستور ها است .
-بر روی پنجره نمایش ، گزینه file را انتخاب کرده و یک فایل را جهت نمایش صدا کنید .

خط فرمان :
کنترل + P : نمایش فرمان قبلی در History
کنترل + N : نمایش فرمان در حال اجرا
کنترل + H : برای پاک کردن کاراکتر قبلی
کنترل + D : برای پاک کردن کاراکتری که کرسر یا چشمک زن زیر آن است .
کنترل + B : یک کاراکتر به عقب می رود .
کنترل + F : یک کاراکتر به جلو می رود .
کنترل + A : به ابتدای خط می رود .
کنترل + E : به انتهای خط می رود .